《生化危机0》故事开始

　　在浣熊市周边地区，有关离奇的谋杀事件的传闻不断，据说死者尸首被撕咬得残缺不全。 城市精锐特种部队，s.t.a.r.s.（特殊战术及救援部队），派出bravo小队前往事发地点。 可是，由于发动机不明故障，bravo小队的直升机在森林里紧急着陆。

　　他们偶然发现一辆严重损毁的监狱护送车以及被残忍肢解的海军看守的尸体。 恩里克·马里尼（enrico marini），bravo小队的队长，命令进行搜寻比利·柯恩（billy coen），一个逃离护送的前海军少尉。 bravo小队的新成员，瑞贝卡·查姆柏斯（rebecca chambers），发现了一辆停在森林里的火车并进去调查。 火车很显然遭遇过某种事故——她发现乘客无一生还。 一个被判定死亡的乘客复活过来并且攻击瑞贝卡。 生死关头，瑞贝卡被囚犯，比利·柯恩所救。 瑞贝卡仍然怀疑比利，但是意识到想要逃生就必须合作。

　　不久之后，火车突然启动。 它飞快地加速，就要超出安全极限。 为了阻止火车出轨，两人使用了刹车。 不过，还是太迟了，火车侧翻。

　　两人勉强逃出残骸。 安布雷拉的干部养成所就在旁边。 干部养成所自詹姆斯·马库斯（james marcus）博士死亡起就被关闭了。 寄生水蛭以人的形态攻击任何进入这座荒宅的“入侵者”。 这种存活方式实为恐怖。

　　两名安布雷拉主任，阿尔伯特·威斯克（albert wesker）和威廉·柏肯（william birkin），获悉了事态的发展。 他们前去欲恢复设施，但是计划因怪物的袭击而宣告失败。在监视比利和瑞贝卡进展的同时，他们开始意识到是有人肆意破坏安布雷拉，于是决定炸毁养成所。

　　瑞贝卡和比利在噩梦般的环境里开始相互信任并且彼此依赖。 瑞贝卡还了解到比利并没有如罪状中所说的杀害23名无辜百姓。 两人最终见到了复活的马库斯。 后者向他们讲述了10年前他如何被暗杀的惊人故事。 在多年的水蛭研究之后，他刚成功地复制出了T病毒，奥斯威尔·e·斯宾塞（ozwell e. spencer）的两名雇员，阿尔伯特·威斯克和威廉·柏肯，就暗杀了他并窃取了他的研究成果。 进化了的水蛭附在了马库斯的尸体上，有趣的是，马库斯的dna被水蛭所吸收，最终他的复制品诞生。

　　这个新生的马库斯将T病毒散播在浣熊市森林，以寻求对安布雷拉乃至整个世界的报复，大规模的生化危机由此爆发。 当设施的爆炸装置开始倒计时，马库斯的复制体变成了水蛭女王。 这最后的一战，瑞贝卡和比利深知该如何做个了结……

　　最终，比利和瑞贝卡成功战胜水蛭女王，干部养成所炸毁，比利和瑞贝卡逃出，因此事件，瑞贝卡放过比利，在报告中写下比利已经死亡，而瑞贝卡接着前往洋馆中进行调查。

　　7月24日，鉴于Bravo小队失去联系一整天，威斯克率领余下的所有队员，组成Alpha小队进入市郊森林。