3.三大空间神兽的诞生

　　此剧情请携带09年剧场版赠送的阿尔塞罗斯(720)并在升级完全国图鉴后触发

　　携带阿尔塞罗斯到アルフのいせき阿鲁夫遗迹的一所民家，可以触发剧情。考古学家会带着主角和草泥马一起进入遗迹，就在考古学家研究壁画的时候，主角被传送到了一奇怪的空间。出门一看居然来到了城都地区最北方的シントいせき新都遗迹，进入登山者小屋的门一看居然是新奥地区的冠军白菜姐姐，跟着白菜姐姐回遗迹，白菜姐姐说想举行仪式只能携带草泥马一只精灵，回去小屋把其他精灵存起来再回去。仪式只能诞生一只空间神兽，白菜姐姐会让你选择是右下法阵的帕路基亚或者左下法阵的迪亚路加或者上方法阵的奇拉蒂娜，精彩的剧情动画之后就可以得到你选择的空间神兽了，只有1级。剧情结束后自动传回阿鲁夫遗迹。

　　4.水都兄妹

　　此剧情需要在关东地区触发

　　剧情进行到给山吹市的小妹妹找车票时，从最喜欢口袋妖怪俱乐部要了娃娃出门时会遇到方缘地区的冠军大吾，他会给主角看水都的照片，金心为红水都，银魂为蓝水都，并告诉主角水都目前正出没在关东地区。这之后水都就在关东地区随地乱跑了，35级，见面就跑。

　　5.另一只神鸟

　　此剧情需要在关东地区触发

　　在关东的ニビシティ尼比市右侧出口的高地上可以找到一位老人，他会给你银色羽毛。(银魂版是七色羽毛)带着这个羽毛去漩涡列岛(铃塔)就可以让看门的和尚让路，进去到瀑布深处(塔顶)和路基亚(凤凰)战斗。这次可以直接在里面找到神鸟，而不像剧情那样需要去圆珠市舞场触发剧情。

　　6.红绿版三主角

　　此剧情需要击败小智后触发

　　击败小智后回到真新镇找大木博士，他会送给你小火龙、秒娃种子、杰尼龟三只中任选一只作为礼物，身上要留一个空位。