来到了过去的耀西岛，在一间房间中发生剧情后遭遇大恐龙(非战斗，暂且不去管他，继续前进)。来到第2副地图后发生剧情出现了许多阻挡道路的火焰，小马里奥学会的喝水新技能可以扑灭这些火焰,要注意的是吐出的水可以通过管道移动。当所有的火都扑灭后便可以继续前进。第3副地图中要注意的是通过旋风可以使马里奥和路易飞的更远。在山顶遇到小库巴，进入BOSS战，BOSS是库巴手下的法师，骑扫帚状态会分身，不过攻击方式比较单调，非骑扫帚状态的攻击方式只有放出火焰范围攻击。此BOSS的攻击方式多但比较容易躲，而且HP不多，难度不高。

　　终于追上了库巴，不幸的是库巴将碎片吃了下去，更不幸的是包括主角们和库巴全都被大恐龙吞入肚中。恐龙肚中的小房间关着小恐龙，必须将他们放出帮忙耀西推石头。在一个树洞中得到的食物可以帮助大厅中饥饿的小恐龙。在第1间房间中(地图从右到左为1到5房间)，用小马里奥的吐水技能攻击UFO可救出小恐龙。在第2间房间小马里奥们从中间的洞跳下并打击墙上的按扭可以救出小恐龙。在第4间房间中按照墙边的颜色提示打击墙上的按扭进入密室，并按照关小恐龙门上的提示颜色打击墙上的按扭就可以开门。在第5间房间中直接战斗便可。耀西们终于合力将石头推下清理的大恐龙的肠胃。进入肠道中，外星人正将小恐龙们关在蛋中，使用马里奥将蛋顶到空中同时小马里奥吐水攻击蛋便可救出两只小恐龙。来到最深处遇到BOSS蛋怪，BOSS在站立状态的攻击方式有两种，一种是扔蛋攻击玩家，比较容易躲;另外一种是吃玩家补充HP。BOSS身边的蛋被破坏后小恐龙逃脱并推石头，当5个小恐龙逃脱后推下石头砸倒BOSS，此时攻击BOSS效果明显。打败BOSS后从大恐龙体内逃脱，并终于从库巴那里拿回了两块碎片。

　　回到现代先后找博士和老蘑菇学变球的技能。在一个有齿轮的房间，用变球技能在齿轮上滚出现新水管可以通到蟾蜍村，不过目前进去也走不远。在跑楼梯的游戏中用变球技能可以达到城堡最高处，进入此处的时间旋涡来到过去沙漠。

　　来到沙漠，这里的机关是将4作像开启，方法是马里奥和路易以及BABY分别站在面对的两作像前面顶4色方块。进入建筑物中，亲眼目睹了女王将公主送入食人花口中，还不快去救公主。路上的谜题并不难，很快就可以来到BOSS处，BOSS是个棒糖外星人，攻击方式有两种，第一种用棒糖攻击，容易躲但是攻击力高，另一种是扔黑蘑菇、红蘑菇和火球，随即性比较大不过伤害一般，黑蘑菇有中毒效果，总体来说此BOSS不难缺很磨时间。

　　虽然打败了BOSS，却因为敌人人多势众被砸入了地下。地下入口附近有商店，用小马里奥杂碎墙壁进入，趁此机会补给一下吧。来到地图中央，此处机关需要马里奥变球滚齿轮，小马里奥吐水，并且击中上下屏幕同样的物品3次。第2副地图滚球游戏的最后一段必须走路完成，中央机关还是变球滚齿轮，小孩上去顶3个方块便可。来到第3副地图开始食人花BOSS战，BOSS飞行状态的攻击方式只有一种，但是随即性比较大，钻入地下以后攻击方式有两种，都比较容易对付，但是要注意BOSS钻入地下后不可跳跃攻击。打败BOSS后得到第3块碎片，将BOSS身后的墙壁敲碎继续前进救出公主。

　　回到现代找老蘑菇学小孩的飞翔和压扁技能，用飞翔技能救出被压扁后吹走的小公主。然后来到公主的房间遇到库巴，库巴将公主劫走的路上不小心掉入了时间旋涡中。使用刚学的飞翔技能进入库巴掉入的时间旋涡。

　　来到过去的火山遗迹，这里的谜题都很简单，用飞翔和压扁的技能都可以解决，第1副地图山顶上的惊叹号方块需要用小马里奥砸下。第2副地图中央处的机关需要马里奥和路易旋转滚齿轮增加风里，小马里奥压扁状态飘到云上顶惊叹号方块。来到火山口发现公主的王冠，突然火山爆发，立刻赶往山下的研究所。火山喷发的岩石将研究所全部破坏，然后必须让马里奥旋转开启阀门，小马里奥喝饱水灭火。没想到博士突发奇想用高压水泵扑灭火山(汗)。然后再回到火山口遇到巨石BOSS，BOSS的攻击方式有两种，一种是吐出石头连续攻击，一种是范围震击，BOSS受到一定攻击后变成4个小石头，攻击方式很简单。总的来说此BOSS不难。