与一年前的《德军总部3D》相比，《毁灭战士》有着更生动的细节、更丰富的武器、更快的游戏节奏，以及，更血腥的画面。游戏发售后，主创者之一约翰·卡马克穿上了一件印有黄色笑脸的T恤，笑脸的额头上有一个鲜血四溅的弹孔。

　　最先提出抗议的是宗教团体，他们不满于游戏中的某些地狱般的画面，例如被钉在尖桩上的抽搐的人体，浑身血块的尸体，以及象征恶魔撒旦的倒五角星符号。之后不久，主流媒体也加入到了讨伐大军之中。由于《毁灭战士》的3D临场感在当时已算是相当逼真，于是人们开始担心包括3D游戏在内的虚拟现实技术是否会成为真实杀人的模拟工具。基于这一担忧，1994年，华盛顿州参议员菲尔·塔尔玛吉(PhilTalmadge)提议为虚拟现实技术的应用制订一道强制认证的门槛，不过未获通过。

　　对《毁灭战士》反对声音最大的是前美军中校、西点军校心理学教官大卫·格罗斯曼(DavidGrossman)。格罗斯曼在退役后担任了阿肯萨斯州立大学军事科学的教授，并创立了“杀人学”，专门研究人类的杀戮行为对生理和心理的影响。在他看来，《毁灭战士》无异于一个“大屠杀模拟器”(massmurdersimulator)。三年后，仿佛为了印证他的观点，美国海军陆战队的模拟专家们将《毁灭战士Ⅱ》改造成了一款可四人联机的《海军陆战队战士》(MarineDoom)，用作士兵的团队训练工具。

　　《毁灭战士》真正陷入口诛笔伐是在1999年，那一年，哥伦拜恩中学发生了震惊全美的校园枪击事件，两名年轻的凶手最喜爱的游戏就是《毁灭战士》。也正是从这次事件开始，美国的媒体越来越习惯于将校园枪击案同射击游戏联系在一起。

　　不过idSoftware似乎并不怎么在意外界的看法，继续高擎暴力大旗。在当时的官方主页上，他们毫不掩饰地称自己的游戏为“KillerGame”(杀戮游戏)。在一张公司海报上，他们写道：“许多人完全反对暴力。他们都死了。”(TherearealotofpeopletotallyopposedtoVIOLENCE.They’realldead.)